En enero de 1861 muere Federico Guillermo IV Hohenzollern, que ya estaba mentalmente incapacitado. Antes de morir ya era regente su hermano el príncipe Guillermo, y cuando por fin murió, Guillermo, ya como Guillermo I, eligió a liberales moderados para su gobierno.

Entonces los demócratas y liberales más beligerantes de 1848 se reunieron para formar el Partido del Progreso, al que muchos adeptos de Marx se afiliaron. Esta organización estaba muy ligada a la Asociación Nacional de liberales y demócratas de toda Centroeuropa que defendían la unión de los Estados alemanes bajo la hegemonía de Prusia, propuesta con la que Marx discrepaba.

Los resultados a las elecciones al parlamento de 1861 y 1862 del Partido del Progreso fueron francamente buenos al plantarles cara a Guillermo I y a los príncipes generales, abriéndose así un período de cuatro años de confrontaciones conocido como la era de los conflictos, enfrentamiento que al final resultó ser beneficioso para Otto Eduard Leopold von Bismarck-Schönhausen, príncipe de Bismarck y duque de Lauenburg, al ser nombrado primer ministro de Prusia en 1862.

En 1863 la Confederación Germánica, ante el intento del rey danés Cristián IX, protestó en un intento de anexión del ducado de Schleswig a Dinamarca, el cual estaba bajo el yugo de la misma Confederación Germánica tras el protocolo de Londres de 1852 que dispuso que el ducado de Schleswig se uniese al ducado de Holstein, que era miembro de la Confederación Germánica. Bismarck convenció a Francisco José I de Austria para que se defendiese el protocolo de Londres, y así lo firmaron el 16 de enero de 1864.

En 1863, al morir el rey de Dinamarca y problematizarse la sucesión, Bismarck aprovecha la coyuntura para intervenir arrastrando a Austria, aunque ésta desde luego no quería ser marginada del beneficio moral de la intervención. Las tropas austro-prusianas avanzaron hacia la frontera entre Schleswig y Holstein constituida por el río Eider el 1 de febrero de 1864 y al invadir la península de Jutlandia empezaría la guerra de los ducados. La toma del ducado de Schleswig se llevó a cabo en cuatro días bajo las órdenes del mariscal Helmuth von Moltke que organizó una campaña relámpago de suma eficacia.

Era la primera vez que desde el Congreso de Viena Austria y Prusia se unían para perturbar la paz en Europa. Dos importantísimos Estados alemanes declaraban la guerra a un reino minúsculo como era el de Dinamarca.

«Por más que Bismarck odiase a Austria y por más que Austria quisiese, por su parte, descargar su cólera sobre Prusia, al morir Federico VII de Dinamarca, no les quedaba otra cosa que emprender la campaña conjunta contra Dinamarca, con el tácito consentimiento de Rusia y de Francia. El éxito estaba asegurado de antemano si Europa permanecía neutral; ocurrió precisamente eso: los ducados fueron conquistados y cedidos con arreglo al tratado de paz» (Friedrich Engels, El papel de la violencia en la historia, Editorial Progreso, Moscú 1981, pág. 416-417).

De modo que Prusia y Austria se repartieron dos de los tres ducados y al ducado de Lauenburg se le concedió la independencia, aunque se hallaba en unión personal con Holanda y a su vez se hallaba más inclinada a Francia que a Prusia, «a la que odiaba positivamente» (Engels, El papel de la violencia en la historia, pág. 424).

Prusia se anexionó 200.000 habitantes daneses de Schleswig del Norte, según lo acordado en el Tratado de Praga el 30 de octubre de 1864, fecha en la que en el Tratado de Viena se formalizó la cesión de los ducados daneses a Prusia y Austria.

En la actualidad el territorio de los ducados corresponde al Estado federado alemán de Schleswig-Holstein.